ニキビの原因とされる「アクネ菌（プロピオニバクテリウム・アクネス）」は、ブドウ球菌と並んで、顔に最も多く存在する常在菌の一つです。
顔に常在する菌（常在菌）はさまざまな種類がありますが、これらは、通常は皮膚のｐＨバランスをコントロールし、正常に保つ働きをしています。
また、ニキビの原因はアクネ菌だけを原因として発症するものではなく、アクネ菌のほかの常在菌もニキビの原因となり得るといわれています。
アクネ菌は、皮脂を“栄養”にして増殖して（これもアクネ菌に限ったことではなく、ほかの常在菌にもいえることですが）、ニキビの原因となります。
誰しもアクネ菌などの常在菌は持っているのですが、皮脂の過剰分泌などが引き金となり、アクネ菌などの常在菌が異常に繁殖すると、肌のｐＨバランスが崩れ、ニキビが発症してしまうのです。